Outre les contrôles classiques liés au paiement du lait, la filière travaille, depuis toujours, sur la qualité du lait cru destiné à la fabrication du Roquefort (contrôle quotidien du lait des producteurs, effectué en laiterie).

S’y ajoutent depuis plus de vingt ans des contrôles systématiques sur les citernes qui en cas de problème amènent des contrôles des laits individuels. Seul le lait apte à faire du Roquefort est acheminé vers les laiteries.

Avant son départ de la laiterie ou à son entrée en cave, le « pain » de Roquefort est percé d’une quarantaine de trous sur toute sa hauteur. Cette opération a pour objectif de favoriser le développement du Penicillium roqueforti dans le fromage. Le « pain » de Roquefort est maintenant prêt pour un affinage dans les caves de Roquefort. Durant 15 jours à 3 semaines, le fromage sera exposé nu dans les caves. Quand le chef de cave estime que le développement du Penicillium roqueforti au sein du fromage est suffisant, les « pains » sont emballés et conservés dans des salles à basse température pour poursuivre leur lente maturation. Trois mois minimum sont nécessaires à l’élaboration du Roquefort.